Forskningsetiske problemstillinger kan reises i forbindelse med valg av metode.
Utelukkende bruk av én metode kan føre til skjevhet i forskningsresultatene. Det å basere seg på en survey og bruke kvantitative data, kan av og til tilsløre bakenforliggende problemer som krever en kvalitativ tilnærming. Slike svakheter kan noen ganger unngås med metodetriangulering. Det vil si at man bruker flere metoder i samme prosjekt.
Det er viktig at det i prosjektet ikke er et misforhold mellom de spørsmål man søker å besvare og de metodene som man tar i bruk.
Eksperimentelle metoder er basert på idealiseringer og abstraksjoner, og man bør være varsom med å trekke slutninger om virkelige forhold.
Ved bruk av statistiske metoder, skal man være oppmerksom på hvordan dette ofte blir oppfattet: Korrelasjoner blir oppfattet som årsakssammenhenger. Tall gir ofte inntrykk av objektivitet som det ikke alltid er grunnlag for i datamaterialet.
Det er viktig ikke å velge metode utelukkende ut fra hva som vil gi best data, men også ut fra hva som best ivaretar forsøkspersonenes integritet. Noen ganger skal vitenskapelige metoder modifiseres for å ivareta etiske hensyn. Ett eksempel på dette er kliniske utprøvinger: ICH Tripartite Guideline – Choice of control group and related issues in clinical trials: http://www.ich.org/LOB/media/MEDIA486.pdf
Mer om aksjonsforskning, desepsjonsforskning, eksperimenter, kvalitativ metode, kvantitativ metode, legemiddelutprøving, placebo og spørreundersøkelser i Forskningsetisk bibliotek (FBIB)